På stillingen 1-1 i det 87. minutt kom Wataru Endo på banen på Stamford Bridge på lørdag.
Det ble spilt 10 minutter overtid, og i løpet av de 13 minuttene på banen skal 32-åringen ha blitt skadet.
Han har trukket seg fra landslagssamling og privatlandskampene mot Paraguay og Brasil, melder det japanske fotballforbundet på sine nettsider.
De spesifiserer ikke hvilken type skade det er snakk om.
I tillegg til Endo, fikk Andy Robertson og Ibrahima Konaté seg smeller mot Chelsea, og skal undersøkes videre de kommende dagene.
